Los cambios producidos en las formas de organización y producción del conocimiento al interior de la ciencia han promovido transformaciones que impactan de forma diferente a la comunidad académica. Esta, adquiere un papel fundamental en este contexto de cambios. Sin embargo, son escasas las evidencias que dejen entrever cómo reciben los investigadores, en el marco de sus investigaciones, los cambios que se impulsan; cómo estos inciden en la construcción de sus agendas de investigación y por lo tanto en las decisiones sobre qué investigar. En Uruguay, las transformaciones acaecidas en los procesos de producción de conocimiento son promovidas por múltiples actores que integran el sistema de investigación nacional. Estos llevan adelante y despliegan estímulos diversos que, como distintas señales, son recibidas por la comunidad académica en su conjunto. Este trabajo, presenta las opiniones de los investigadores, pertenecientes a dos áreas de conocimiento universitario - ingeniería y salud- y su análisis en relación a los diferentes estímulos que reciben del sistema de investigación, y como estos contribuyen a orientar sus agendas. Estos estímulos, se clasificarán principalmente en las señales emitidas por dos entidades clave del sistema científico nacional: la Universidad de la República (UdelaR) y el Sistema Nacional de Investigadores (SNI).