A 30 años del MERCOSUR esta presentación se propone discutir el papel de la ciencia, la tecnología y la innovación (CTI) enfocando en el caso de la producción de insumos médicos y de vacunas en Argentina y Brasil, como uno de los ejes centrales del desarrollo y la necesidad todavía imperante de coordinar acciones y estrategias regionales en este campo en el bloque sudamericano. La centralidad de la ciencia y la tecnología como herramienta de los países para acceder al bienestar, a la autonomía y al desarrollo es un hecho innegable. Esta situación se ha vuelto incluso más perceptible durante la emergencia de la pandemia COVID-19, advirtiéndose que la falta de cooperación regional ha dejado a los países del MERCOSUR librados a negociaciones bilaterales desfavorables con las grandes potencias farmacéuticas tradicionales y emergentes. No hubo ninguna estrategia regional, o una coordinación para afrontar la pandemia, sus necesidades tecnológicas, ni la construcción de un plan de mediano y largo plazo que busque la soberanía y la autonomía sanitaria regional. El resumen presentará datos sobre la asimetría en ciencia, tecnología e innovación en el sector de insumos médicos en el MERCOSUR. Se analiza la dependencia tecnológica en el marco de la pandemia de COVID-19 en la región y desarrollará los casos de Argentina y Brasil en la producción de vacunas. Finalmente, se propone la necesidad de avanzar con la implementación de una Agencia Regulatoria de Medicamentos del MERCOSUR procurando la soberanía sanitaria para facilitar la producción de medicamentos, insumos médicos y vacunas en la región.En este artículo se adoptó una metodología de tipo cualitativa-cuantitativa apoyada en entrevistas a actores clave y otras fuentes como notas de divulgación y publicaciones científicas, bases de datos de los organismos nacionales e internacionales, además de materiales de archivo, como leyes, reglamentaciones, páginas web y notas periodísticas.