La elección de llevar adelante cualquier proyecto de investigación implica necesariamente la toma de múltiples decisiones: que estudiar, para qué estudiar, cómo estudiarlo. Cuando se indaga en formas de violencia que afectan a grupos históricamente marginados, las decisiones vinculadas con el marco conceptual, la metodología y el enfoque epistemológico deben considerar tanto el lugar de enunciación de quien investiga como los efectos directos o indirectos que estas cuestiones pueden tener sobre los sujetos afectados. En el presente artículo, nos proponemos volcar algunas reflexiones epistemológicas y metodológicas surgidas a partir de un proceso de investigación en torno a las formas específicas de violencia que afectan a las mujeres trans privadas de su libertad en unidades penales de la provincia de Buenos Aires, Argentina. Desde una perspectiva reflexiva, crítica y propositiva, presentamos una serie de conclusiones que pueden extraerse de este proceso, buscando aportar a otras investigaciones del campo para comprender (algunas de las) dimensiones potencialmente dañinas de las prácticas de investigación en ciencias sociales y jurídicas, y a la vez ensayar algunos caminos posibles para no reproducirlas.