La educación ambiental ha adquirido un papel estratégico en las políticas públicas orientadas a la sustentabilidad, promoviendo la incorporación de criterios ambientales en los sistemas educativos mediante instrumentos como el Sistema Nacional de Certificación Ambiental de Establecimientos Educacionales (SNCAE). No obstante, persiste una brecha entre la institucionalización de la educación ambiental en las escuelas y su capacidad para generar procesos efectivos de participación y gobernanza ambiental en los territorios. En este contexto, el presente artículo analiza la implementación del SNCAE en establecimientos educacionales de la comuna de Temuco, Chile, con el propósito de comprender cómo la certificación contribuye a la institucionalización de la educación ambiental y cuáles son sus limitaciones para fortalecer capacidades de participación y gobernanza ambiental local. La investigación adopta un enfoque cualitativo, basado en un estudio de caso desarrollado durante 2016 mediante entrevistas semiestructuradas a equipos directivos y responsables de la implementación del SNCAE en establecimientos certificados. El análisis se sustenta en los enfoques de racionalidad ambiental, educación ambiental crítica y gobernanza ambiental local, incorporando una reinterpretación teórica de la investigación original para su publicación científica. Los resultados muestran que el SNCAE fortalece la institucionalización de la educación ambiental mediante la incorporación de criterios de sustentabilidad en la gestión escolar y el currículo. Sin embargo, estos avances se concentran principalmente en el ámbito organizacional, con una capacidad limitada para consolidar procesos permanentes de participación comunitaria, articulación territorial y deliberación sobre conflictos socioambientales. Se concluye que la institucionalización de la educación ambiental constituye una condición necesaria, pero no suficiente, para la construcción de gobernanza ambiental local. En consecuencia, el principal aporte del estudio consiste en distinguir analíticamente ambos procesos y evidenciar la necesidad de fortalecer políticas públicas que promuevan una articulación más efectiva entre escuela, comunidad y territorio.