El propósito de este trabajo fue diseñar un programa de Intervención socioeducativa denominado Proyecto Neuro-convivencia, orientado a mejorar la regulación emocional y mitigar el acoso en estudiantes de educación media superior. Ante la vulnerabilidad neurobiológica propia de la adolescencia, se formuló una arquitectura metodológica que integró el enfoque de habilidades cognitivas de la inteligencia afectiva y el modelo de competencias aplicadas, articulados bajo pautas internacionales de dirección de proyectos. Para la intervención, se estructuró una secuencia didáctica de tres módulos progresivos centrados en la autoconciencia, la autorregulación y la empatía. Durante el diseño, se establecieron dinámicas pedagógicas específicas orientadas a estimular respuestas neurobiológicas favorables, como la activación de la corteza prefrontal y la liberación de hormonas asociadas al bienestar social. Como resultado, se obtuvo un marco preventivo, estandarizado y evaluable mediante escalas métricas, sobre los estados anímicos del alumnado. Se concluyó que la convergencia entre las ciencias del cerebro, la alfabetización emocional y la administración formal proporcionó una base sólida y sostenible para transformar el clima de aprendizaje y reducir la violencia relacional en el aula. Palabras clave: inteligencia emocional, aprendizaje socioemocional, acoso escolar, adolescencia, desarrollo afectivo