Este artículo desarrolla los fundamentos metodológicos del diseño de análisis integrado a partir de su empleo para el estudio de situaciones de vulnerabilidad entre usuarios de drogas a nivel regional. Se integraron datos de trece estudios transversales realizados en Argentina, Brasil y Uruguay entre 1998 y 2004. Una revisión crítica del concepto de matriz de datos, que distingue cuatro componentes estructurales, permitió: definir las unidades de análisis abarcando las distintas poblaciones originales; identificar un núcleo común de variables (características sociodemográficas, uso de drogas, prácticas sexuales, serologías de infecciones de transmisión sexual y sanguínea) con sus respectivos valores; examinar los indicadores, las dimensiones y procedimientos empleados para la medición de las variables; y establecer su compatibilidad mediante un análisis comparativo y temático de los instrumentos. Se obtuvo una nueva matriz de 3.534 casos. La colaboración multidisciplinaria entre equipos e instituciones de los tres países hizo posible maximizar las fuentes disponibles para el análisis de características locales y de la región en su conjunto.