El género Sapajus Kerr, 1792, comprende primates conocidos vulgarmente como capuchinos con copete o robustos, habitando desde Colombia hasta el norte de la Argentina. La taxonomía del género es muy compleja y continúa pobremente entendida. Se realizó un estudio morfométrico de 18 medidas craneanas, en 40 cráneos del género Sapajus provenientes de las colecciones del Museo Nacional de Historia Natural del Paraguay (MNHNP) y del Museo Argentino de Ciencias Naturales (MACN). Las poblaciones estudiadas están separadas por el río Paraná 17 cráneos provienen de la margen derecha del río, el resto, 23 cráneos fueron colectados en la Provincia de Misiones, Argentina, margen izquierda del Paraná. Las poblaciones han sido separadas en dos especies diferentes, basado exclusivamente en caracteres fenotípicos de coloración, en Sapajus cay al oeste del río Paraná y Sapajus nigritus en la margen opuesta del mismo río. El objetivo del presente trabajo es probar si existen diferencias significativas en el tamaño del cráneo entre ambas poblaciones y hacer un análisis taxonómico del género. Se realizó un Análisis de Funciones Discriminantes para examinar si las poblaciones pueden diferenciarse entre sí. El resultado del análisis fue significativo. Todos los especímenes fueron clasificados dentro de su grupo. La primera función discriminante separa ambas especies y la segunda función discriminante nos muestra claramente el dimorfismo sexual que hay dentro de cada especie.